AlignACE 3.0 04/13/02
./AlignACE -expect 5 -gcback 0.61 -i 1856.in
Parameter values:
expect = 5
gcback = 0.61
minpass = 200
seed = 1078850032
numcols = 10
undersample = 1
oversample = 1

Input sequences:
#0 1856_Gsul, G.sulfurreducens sequence for operon 1856

#1 1856_Dvul, D.vulgaris sequence for operon 1856

#2 1856_Gmet, G.metallireducens sequence for operon 1856 from contig 13

Motif 1
CCATGCAGAGG 0 4 0
ACATGCAGCGG 0 31 0
CCGTTCAGGGG 0 50 0
CCGTGCAGCGG 0 65 1
CCATGCAGGTG 0 90 1
CCATGAAGAGG 2 270 0
CCATGCAGGTG 2 499 0
CCGTGCAGCGG 2 524 0
CCGTTCAGGGG 2 539 1
ACATGCAGCGG 2 558 1
CCATGCAGAGG 2 585 1
******** **
MAP Score: 25.8557

Motif 2
TCGGTGACCCTGGACCGCTGCATG 0 17 1
TCCCGGACAATGGCCTCGCGCGGG 0 166 0
TCCTACACCATGGCCACCCCCATG 0 218 1
TCGTCAAGGGTGACCTGTTCGGTG 0 310 0
TCCAGCAGGAAGGCTACTTCCGTG 0 349 0
TTGTCGACGGTGGCGGCGAAGATG 0 373 0
TCGTCCAGGGTGGGGTTGGTCAGG 0 469 0
TCGAACAAGAGGGTGCGCTCGGTG 0 556 0
TCCTCAAGGGTGACCTGTTCCGTG 2 12 1
TTTCACAACGTGATAATCCTCGTG 2 97 1
GCAAAGACCTTGGTGGGGCAGATG 2 218 1
TCATGGAGCTTGATCTCGACCATC 2 275 1
TCGCCGATCATGGGGGTCGCCATG 2 350 1
TCCCGGACGATGGCTTCCCGGGGG 2 410 1
TCGGTGACCCTGGACCGCTGCATG 2 559 0
** * *** ****
MAP Score: 19.5591

Motif 3
CGATCTCGGTCCTGATG 0 121 0
CGATTTCCCGGACAATG 0 178 0
ACAGGTCACCCTTGACG 0 316 1
AGATGTCCAGCAGGAAG 0 361 0
CCGGTTCCGGCTGGAGG 0 532 1
CTGTGTCCTGCGGGAGG 0 583 1
CAATGTCACCCCTGATG 1 119 0
ACAGGTCACCCTTGAGG 2 13 0
CCAGGTCCCGGTAGAAG 2 78 1
CAAGCTCCATGAAGAGG 2 270 0
CGATTTCCCGGACGATG 2 405 1
CGAGATCCCCCGGGAAG 2 423 0
CGATCTCGGTGCGGATG 2 462 1
* ** *** * ** *
MAP Score: 15.934

Motif 4
CATCAGGACCGAGAT 0 121 1
GGTCAGGCGCGACAT 0 146 0
CGTCAAGGGTGACCT 0 318 0
CTTCCTGCTGGACAT 0 361 1
GTTGAGGATCGCCAC 0 497 0
CCTCCCGCAGGACAC 0 585 0
CGTCAGGTTCGCCAC 1 14 1
CATCAGGGGTGACAT 1 119 1
CCTCAAGGGTGACCT 2 13 1
GCTCAGGCAGGCGAT 2 154 1
CTTGATGGTCGAGAT 2 287 0
GATGAGGAACGAGAC 2 304 0
GGTCAGGCGCGACAT 2 439 1
* *** * *****
MAP Score: 15.2454

Motif 5
GTCCCCCTGCCCCCTGAACGGCA 0 40 1
GTTGGGCTCGGCCAGCACCTGCA 0 93 0
GCGGATGTCGCGCCTGACCAGCA 0 142 1
GAGGCCATTGTCCGGGAAATCGA 0 173 1
GAACAGGTCACCCTTGACGACCA 0 314 1
GAAGATGTCCAGCAGGAAGGCTA 0 357 0
GGTGCCGTCCCCCTCCAGCCGGA 0 537 0
GAACAGGTCACCCTTGAGGACCA 2 9 0
GGGGCGCTGCGCCACGAGGATTA 2 110 0
GTCGAGATCAAGCTCCATGAAGA 2 272 0
GAAGCCATCGTCCGGGAAATCGA 2 404 0
GCGGATGTCGCGCCTGACCGAGA 2 435 0
GTTGGGCTCGGCCAGCACCTGCA 2 484 1
GTCCCCCTGCCCCCTGAACGGGA 2 537 0
* ** ** ** ** *
MAP Score: 14.7277

Motif 6
TGGGGTCGGTGACC 0 12 1
TGGGCTCGGCCAGC 0 100 0
TCCGCTCGGCGATC 0 133 0
CATGATCGGCGAGA 0 238 1
CCTGTTCGGTGATC 0 307 0
CCCGACCGGCGATC 0 430 0
CATGATCGGCGAGA 2 348 0
TCCGCTCGGCGATC 2 453 1
TGGGCTCGGCCAGC 2 486 1
TGGGATCGGTGACC 2 574 0
* * ******* *
MAP Score: 14.2166

Motif 7
CAGGGTCACCGACCCCATGCAGAGG 0 4 0
CAGGGGGCAGGGGGACATGCAGCGG 0 31 0
CTGCGCCGGCGCCACCATGCAGGTG 0 76 1
CCGGTACCCGGCTTCCATGCGGGAG 0 511 0
CTGCGCCGGCGCCACCATGCAGGTG 2 499 0
CAGGGGGCAGGGGGACATGCAGCGG 2 544 1
CAGGGTCACCGATCCCATGCAGAGG 2 571 1
* * ******* *
MAP Score: 14.1323

Motif 8
CATGGGGTCGGTGACCCTG 0 10 1
CGTGCAGCGGCTGCGCCGG 0 66 1
CATGCAGGTGCTGGCCGAG 0 91 1
GATGTCGCGGTTGGGCTCG 0 106 0
CGTGGCGGCGTTGACGTGG 0 334 0
CATGACGTTGTCGACGGTG 0 385 0
CAGGGTGGGGTTGGTCAGG 0 469 0
CATGCGGGAGTTGAGGATC 0 502 0
CGTGCCGCGGCTGCAGGAT 2 251 0
GATGTCGCGGTTGGGCTCG 2 475 1
CATGCAGGTGCTGGCCGAG 2 490 0
CGTGCAGCGGCTGCGCCGG 2 515 0
**** * * ** * *
MAP Score: 13.6239

Motif 9
GATCTCGGTCCTGATGTC 0 119 0
GATTTCCCGGACAATGGC 0 176 0
GATCGCGCTCAAGTCGTC 0 293 0
GATGTCCAGCAGGAAGGC 0 359 0
GATCGCCACGACCTCGTC 0 488 0
GATGGAATTAACAATGTC 1 129 0
GATCTCGACCATCAAGTC 2 286 1
GATTTCCCGGACGATGGC 2 406 1
GATCTCGGTGCGGATGTC 2 463 1
*** ** * * ***
MAP Score: 13.1296

Motif 10
GGTCCAGGGTCA 0 21 0
GTTCAGGGGGCA 0 47 0
GATCATGGGGGT 0 233 0
CGTCAAGGGTGA 0 321 0
CATCAGGGGTGA 1 119 1
CCTCAAGGGTGA 2 13 1
GATCATGGGGGT 2 355 1
CTTCCCGGGGGA 2 423 1
GTTCAGGGGGCA 2 541 1
GGTCCAGGGTCA 2 567 1
* *** ******
MAP Score: 11.5248

Motif 11
CTGCCCCCTGAACGGCATCCCG 0 46 1
CTGCCCCCTGAACGGGATACCG 2 532 0
CTTGATCTCGACCATCAAGTCG 2 283 1
CACCTTCCTGATCCGGAAATGG 0 256 1
CTCGGCCAGCACCTGCATGGTG 0 88 0
CTCGGCCAGCACCTGCATGGTG 2 490 1
GTCGCGCCTGACCAGCATCCCG 0 148 1
CTTGAGCGCGATCACCGAACAG 0 298 1
CACCCCCATGATCGGCGAGAAG 0 232 1
CTGCGCCACGAGGATTATCACG 2 105 0
GTCCCCCTCCAGCCGGAACCGG 0 532 0
CAGGACCGAGATCGCCGAGCGG 0 124 1
GAGCACCACGACCACGGAACAG 2 26 0
GACCCCCATGATCGGCGAGAAG 2 346 0
GACCAACCCCACCCTGGACGAG 0 472 1
GTCGCGCCTGACCGAGATCCCC 2 430 0
CACCGTCGACAACGTCATGGGC 0 385 1
CTGCGCCAAGATGGAGAAATTC 2 52 0
GAGCACCGGGACGACTGTATCG 2 165 0
CTCCAACTCAAACAGAATTAAG 1 270 0
** * * ** * ** *
MAP Score: 11.4921

Motif 12
GGGATGCCGTTCAGG 0 52 0
GCGATCTCGGTCCTG 0 124 0
GGGATGCTGGTCAGG 0 154 0
GTGATCGCGCTCAAG 0 298 0
GAGATGGCGCGGAAG 0 443 1
GGGATCTCGGTCAGG 2 431 1
GCGATCTCGGTGCGG 2 461 1
GGTATCCCGTTCAGG 2 533 1
* *** ** *** *
MAP Score: 10.2556

Motif 13
AGGGGGCAGGGGGACATGCAGCGGTC 0 29 0
ACCTGCATGGTGGCGCCGGCGCAGCC 0 74 0
ATCATGGGGGTGGCCATGGTGTAGGA 0 218 0
ACTTCCGTGGCGGCGTTGACGTGGTC 0 332 0
TTGTCGACGGTGGCGGCGAAGATGTC 0 371 0
AACAAGAGGGTGCGCTCGGTGCCGTC 0 551 0
TTTGAGTTGGAGGATAAGGTGCGGAC 1 280 1
AGCGCCCCGGAGGGGCAGAGGTAGGC 2 125 1
AAGACCTTGGTGGGGCAGATGTCCAC 2 221 1
ATCATGGGGGTCGCCATGGTGTAGGA 2 356 1
ACCTGCATGGTGGCGCCGGCGCAGCC 2 500 1
AGGGGGCAGGGGGACATGCAGCGGTC 2 545 1
* * ** ** * * * *
MAP Score: 9.47286

Motif 14
ACATGCAGCGGTCCAGGGTCACCG 0 18 0
ACGGGATGCCGTTCAGGGGGCAGG 0 45 0
CGCGACATCCGCTCGGCGATCTCG 0 130 0
AGGGTGACCTGTTCGGTGATCGCG 0 304 0
CCGGGTACCGGTTCCGGCTGGAGG 0 525 1
AGGGTGACCTGTTCCGTGGTCGTG 2 18 1
AGGAGAAGCGGCTCTGCGCGGTGG 2 186 0
CGCGACATCCGCTCGGCGATCTCG 2 446 1
ACGGTATCCCGTTCAGGGGGCAGG 2 531 1
ACATGCAGCGGTCCAGGGTCACCG 2 558 1
* * * **** * * *
MAP Score: 9.4715

Motif 15
GGGGGACATGCAGCGGTCCAGGGT 0 23 0
GCCGATCATGGGGGTGGCCATGGT 0 224 0
GGCGTTGACGTGGTCGTCAAGGGT 0 323 0
GTTGTCGACGGTGGCGGCGAAGAT 0 374 0
GGCTTCCATGCGGGAGTTGAGGAT 0 503 0
GTCGAACAAGAGGGTGCGCTCGGT 0 557 0
GCCGATCATGGGGGTCGCCATGGT 2 352 1
GGGGGACATGCAGCGGTCCAGGGT 2 553 1
* * * * * * * ***
MAP Score: 8.68752

Motif 16
CGTTCAGGGGGCAG 0 46 0
CCTGCATGGTGGCG 0 85 0
CGATCATGGGGGTG 0 232 0
CTTCCGTGGCGGCG 0 343 0
CGTCCAGGGTGGGG 0 478 0
CTTCCATGCGGGAG 0 511 0
CCTCCGGGGCGCTG 2 124 0
CCTGCATGGTGGCG 2 501 1
CGTTCAGGGGGCAG 2 540 1
* * ***** ** *
MAP Score: 8.2568

Motif 17
GGGGGACATGCAGCGGTCCAG 0 26 0
GCATCCCGTGCAGCGGCTGCG 0 60 1
GATCTCGGTCCTGATGTCGCG 0 116 0
GTGACCTGTTCGGTGATCGCG 0 304 0
GGCTTCCATGCGGGAGTTGAG 0 506 0
GTGACCTGTTCCGTGGTCGTG 2 21 1
GCAGGCGATACAGTCGTCCCG 2 160 1
GATCTCGGTGCGGATGTCGCG 2 463 1
GGATACCGTGCAGCGGCTGCG 2 519 0
GGGGGACATGCAGCGGTCCAG 2 553 1
* * ** * * *** *
MAP Score: 8.01838

Motif 18
TCCTACACCATGGCCACCCCCAT 0 218 1
TCCAGCAGGAAGGCTACTTCCGT 0 350 0
TCGAACAAGAGGGTGCGCTCGGT 0 557 0
TGACACATCAGGGGTGACATTGT 1 114 1
TGCGCCAAGATGGAGAAATTCAT 2 50 0
TGCGCCACGAGGATTATCACGTT 2 103 0
TGCCCCACCAAGGTCTTTGCCTT 2 215 0
TCCTACACCATGGCGACCCCCAT 2 359 0
** ** ** ** * *
MAP Score: 6.91421

Motif 19
TTCAGGGGGCAGGGGGACATG 0 37 0
TTCCCGGACAATGGCCTCGCG 0 170 0
GTGTAGGAATAGTGGGTCTTG 0 205 0
GTGGTCGTCAAGGGTGACCTG 0 317 0
TTGTTCGACCACTGTGTCCTG 0 572 1
GTGTAGGAGTAGTGGGTCTTG 2 374 1
TTCCCGGACGATGGCTTCCCG 2 409 1
TTCAGGGGGCAGGGGGACATG 2 542 1
** ** * * ** **
MAP Score: 6.66066

Motif 20
TCAGGGGGCAGGGGGACATG 0 37 0
TGGTGGCGCCGGCGCAGCCG 0 73 0
TCTCGGTCCTGATGTCGCGG 0 115 0
AAATCGAGCGGACGGCCAAG 0 189 1
AGATGGCGCGGAAGCTGCCG 0 444 1
ATAAGGTGCGGACAACAACG 1 293 1
TCTTGGCGCAGAAAGCCAGG 2 63 1
TGGTGGGGCAGATGTCCACG 2 228 1
TCTCGGTGCGGATGTCGCGG 2 465 1
TGGTGGCGCCGGCGCAGCCG 2 507 1
TCAGGGGGCAGGGGGACATG 2 543 1
* ** ** ** * * *
MAP Score: 5.98907

Motif 21
GCAGCCGCTGCACG 0 66 0
GCAGGTGCTGGCCG 0 94 1
GCAGCCGCGGCACG 2 256 1
GCAGGTGCTGGCCG 2 492 0
GCAGCCGCTGCACG 2 520 1
**** **** **
MAP Score: 5.78093

Motif 22
CATGGTGGCGCCG 0 82 0
CATGGTGTAGGAA 0 217 0
CATCTTGGCGCAG 2 61 1
CCTCGTGGCGCAG 2 114 1
CTTGGTGGGGCAG 2 226 1
CATCCTGCAGCCG 2 250 1
CATGGTGTAGGAG 2 370 1
CATGGTGGCGCCG 2 505 1
**** ** ****
MAP Score: 4.28471

Motif 23
AAAGGTAGGC 1 194 1
AAAGGTGGGC 2 337 1
AAAAGTAGGT 1 210 0
AGAGGTAGGC 2 141 1
GAAGGTGGGC 0 253 0
AATAGTGGGT 0 209 0
AGTAGTGGGT 2 381 1
**********
MAP Score: 2.74354

Motif 24
ATGTCGCGGTTGGGCTCG 0 106 0
AAGGTGGGCTTCTCGCCG 0 244 0
AGGGTGACCTGTTCGGTG 0 310 0
ACGTTGTCGACGGTGGCG 0 382 0
ATGGCGCGGAAGCTGCCG 0 446 1
AGGGTGGGGTTGGTCAGG 0 469 0
GAGTTGAGGATCGCCACG 0 496 0
AGGGTGCGCTCGGTGCCG 0 553 0
GTGTTGCGGTGAAGTCCG 1 175 1
AAGGTGCGGACAACAACG 1 295 1
AGGGTGACCTGTTCCGTG 2 18 1
AAGGTGGGCTTCTCGCCG 2 338 1
ATGTCGCGGTTGGGCTCG 2 476 1
* **** *** **
MAP Score: 1.9513

Motif 25
CATGGGGTCGGTGACCCTGGA 0 10 1
CAGGGGGCAGGGGGACATGCA 0 35 0
CATGGTGGCGCCGGCGCAGCC 0 74 0
CATGGGGGTGGCCATGGTGTA 0 221 0
CATGACGTTGTCGACGGTGGC 0 383 0
CATGCGGGAGTTGAGGATCGC 0 500 0
CAAGAGGGTGCGCTCGGTGCC 0 554 0
CATGGGGGTCGCCATGGTGTA 2 358 1
CATGCAGGTGCTGGCCGAGCC 2 488 0
CATGCAGCGGTCCAGGGTCAC 2 559 1
**** * * * ** *
MAP Score: 1.45439

Motif 26
ATCAGGACCGAGATC 0 122 1
ATGTCGCGCCTGACC 0 146 1
ATGATCGGCGAGAAG 0 239 1
ACGAGGAACGAGACG 0 282 1
ATGTCCAGCAGGAAG 0 361 0
AGGATCGCCACGACC 0 493 0
TGGTCGAACAAGAGG 0 568 0
ATGTCACCCCTGATG 1 119 0
ATGAGCACCACGACC 2 35 0
TTCTGCGCCAAGATG 2 61 0
TGGAGCACCGGGACG 2 174 0
TTGATGGTCGAGATC 2 286 0
ATGAGGAACGAGACG 2 303 0
ATGATCGGCGAGAAG 2 346 0
AGGACATCCAAGACC 2 388 0
**** ***** *
MAP Score: 1.25771

Motif 27
TCAAACACTTTTATGAG 1 51 0
TGAAAGAAGAGTACAAG 1 92 1
TGAAAAAGTAGGTTCGG 1 206 0
TCAAACAGAATTAAGGG 1 268 0
TGAAAAACTTCTACCGG 2 85 0
* *** * * ** **
MAP Score: 0.921049