AlignACE 3.0 04/13/02
./AlignACE -expect 5 -gcback 0.61 -i 1538.in
Parameter values:
 expect =         5
 gcback =         0.61
 minpass =        200
 seed =           1078804893
 numcols =        10
 undersample =    1
 oversample =     1

Input sequences:
#0    1538_Gsul, G.sulfurreducens sequence for operon 1538

#1    1538_Dvul, D.vulgaris sequence for operon 1538

Motif 1
TGGCCAGCATGAGG    0     60    0
TGGACGGCAACCGC    0     292   0
CGGCAAGCACCTCC    1     96    0
CGGTGGGCACGCCC    1     114   0
CGGCAGGCAGGTGC    1     176   0
CGGGGTGCAGCGGC    1     225   0
CAGGCGGCAAGGGC    1     286   0
CGGGCGGCACGGCC    1     340   0
CGGGTAGCACGGGC    1     389   0
TGGTCAGCACCGCC    1     408   0
CGGTTGGCAAGACG    1     487   0
***  **** * **
MAP Score: 5.3178

Motif 2
ATGAGGTCAATAT     0     53    0
ATGTAGTCGATAT     1     421   1
ATGCAGTCGATAT     1     463   0
***  *** ****
MAP Score: 4.08433

Motif 3
GGGAAAAAGCTGCTGCCTGG    0     71    0
CGGGAATACCTGCTGCCCGG    0     242   0
CCGCCATAGAAGGAGAGCAG    1     151   0
CCGGCATCACCGCCGAAGAG    1     236   1
GCGTCATCTGCGCCGAACTG    1     260   1
CCGCAAAACGGGCGGCACGG    1     342   0
CAGCGAAATACAGAGGAAAG    1     363   0
GTGGTATATCGACTGCATGG    1     458   1
GGGGGATAGACGGCGCAGGG    1     508   1
CCGTCATATACGCTGGCACG    1     531   0
* *  ***   ** * *  *
MAP Score: 2.79047

Motif 4
ATCGGAAAGGCAGG    0     24    0
AGGGAAAAAGCTGC    0     78    0
AGGGGAATAACGGC    0     98    1
AGTGGAAATCCGGC    0     193   0
AGAGGAAAGACCGC    1     358   0
** *****  * **
MAP Score: 1.69026

Motif 5
CAGCCCAGTTTGA     0     38    0
CTGGCCAGCATGA     0     62    0
CTGCCCGGAGTGA     0     237   0
CCGCCCACCATGA     0     329   1
CCGCGCGGCGTGA     1     74    1
CGGTGCGGCATGA     1     327   1
CGGCGCAGGGTGT     1     518   1
* ******  ***
MAP Score: 1.46768

Motif 6
GCGGCGTCGATG      1     66    0
TCGGCGGTGATG      1     240   0
TCGGCGCAGATG      1     264   0
GCGTCGACGATG      1     573   1
******  ****
MAP Score: 1.38367

Motif 7
GGTCACTCCGGG      0     235   1
GGTATTCCCGGG      0     252   1
GGTTACGCCGGG      1     1     0
CGTCACGCCGCG      1     77    0
CGTGATACAGGG      1     200   0
GGTGATGCCGGG      1     235   0
*** ** *****
MAP Score: 1.06849

Motif 8
TCTATGCCCGGG      0     258   0
TGCATGCCGGTG      1     123   0
TCTATGGCGGCG      1     161   1
TGCCTGCCGGTG      1     181   1
TGCATGGGGGGG      1     471   1
TATATGACGGTG      1     541   1
* **** *****
MAP Score: 0.979656

Motif 9
TGAAGGAGGGGCT     0     158   0
TGAAGGAGGTGCT     1     92    1
TGCAGGCGGTGCT     1     404   1
** *** ** ***
MAP Score: 0.804958

Motif 10
GCATGAGGTC  0     58    0
GGATGATGTC  1     37    0
GGATGATTTC  1     312   1
GCATGAGGCC  1     334   1
**********
MAP Score: 0.560115